Variants de SRAS-CoV-2 sous surveillance

Mise à jour du  , 11 h.

Cette page diffuse de l'information sur les cas de COVID-19 causés par des variants de SRAS-CoV-2 sous surveillance rehaussée confirmés par séquençage génomique ou par lien épidémiologique (colonnes B.1.1.7, B.1.351 et P.1 du tableau 1.1). Elle diffuse également les cas confirmés causés par d’autres variants, mais qui ne font pas l’objet d’une surveillance rehaussée (colonne Autres du tableau 1.1). Les cas de COVID-19 pour lesquels la présence d’un variant a été détectée par test d’amplification des acides nucléiques (TAAN ou PCR en anglais) de criblage sont également présentés (tuile des cas présomptifs).

En raison des délais de séquençage, d’analyse et de validation, il n’y aura pas nécessairement de variation aux données tous les jours.
Les cas confirmés de variants sont déjà inclus dans les nombres cumulatifs de cas de COVID-19 présentés sur les autres pages web.

  Des données sur les cas de variants présomptifs détectés par criblage sont maintenant disponibles sur cette page.

 
cas confirmés
 
cas présomptifs (criblage)
1 - Cas confirmés

1.1 - Nombre cumulatif de cas de variants confirmés de SRAS-CoV-2 sous surveillance au Québec selon la RSS

Les cas confirmés sont basés sur le séquençage d’une proportion des cas positifs pour le SRAS-CoV-2. Le cumulatif de cas de variants ne représente donc pas le nombre total de cas de variants qui peuvent circuler au Québec.

Région sociosanitaire (RSS) B.1.1.7
Émergence
Royaume-Uni
B.1.351
Émergence
Afrique du Sud
P.1
Émergence
Brésil
Autres1 Total

1 Les autres variants sont surveillés étroitement, mais n’ont pas été identifiés comme nécessitant une surveillance rehaussée.


Précisions méthodologiques

Depuis le 15 février 2021, un processus est en cours afin d’analyser tous les échantillons positifs au SRAS-CoV-2 du Québec par test d’amplification des acides nucléiques (TAAN) de criblage. Les résultats positifs seront ensuite analysés par séquençage génomique au Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) afin de confirmer le type de variant. Le séquençage génomique requiert un délai de 7 à 14 jours. 

Variants sous surveillance rehaussée

Les cas de COVID-19 causés par des variants de SRAS-CoV-2 sous surveillance rehaussée sont ceux confirmés par séquençage génomique ou par lien épidémiologique. Trois variants sont sous surveillance rehaussée au Québec et ailleurs dans le monde car, selon la littérature scientifique, ils sont associés à un risque accru de contagiosité, de virulence ou encore d’échappement aux vaccins ou aux traitements contre la COVID-19. Ces variants sont ceux de lignée :

  • B.1.1.7 ayant émergé au Royaume-Uni;
  • B.1.351 ayant émergé en Afrique du Sud;
  • P.1 ayant émergé au Brésil.

Autres variants (ne sont pas sous surveillance rehaussée)

D’autres variants, qui semblent être en émergence au Québec, sont détectés par séquençage génomique aléatoire au LSPQ. Actuellement, ils ne rencontrent pas les critères d’une surveillance rehaussée.

Depuis le 15 février 2021, un processus est en cours afin d’analyser tous les échantillons positifs au SRAS-CoV-2 au Québec par TAAN de criblage dans les laboratoires participants afin de détecter les cas présomptifs de variants sous surveillance rehaussée et d’estimer leur ampleur dans la province. Les résultats positifs sont ensuite acheminés au LSPQ pour confirmation du type de variant par séquençage génomique.

Selon l’information connue actuellement, les résultats de criblage présentent une surestimation des cas de variants sous surveillance rehaussée puisque :  

  • Certains variants détectés par TAAN de criblage pourraient, après le séquençage génomique au LSPQ, ne pas être un de ceux sous surveillance rehaussée;  
  • Certains patients sont testés plusieurs fois et ainsi comptabilisés chaque fois que les résultats de criblage sont positifs, contrairement aux cas de variants confirmés par séquençage génomique qui sont uniques par cas/patient/date de prélèvement.    
  • Toutes les données présentées dans la page sont cumulatives.
  • La tuile Cas confirmés présente les cas de variants confirmés par séquençage et par lien épidémiologique, qu’ils soient sous surveillance rehaussée ou non.
  • La tuile Cas présomptifs (criblage) présente les cas de variants présomptifs identifiés par TAAN de criblage, en attente de confirmation.
  • La colonne « Total » du tableau 1.1 correspond à la somme des colonnes « B.1.1.7 », « B.1.351 », « P.1 » et « Autres ». Elle ne comprend pas les variants détectés par TAAN de criblage.
  • Les données de cas de variants sous surveillance rehaussée sont présentées selon la région sociosanitaire de résidence.
  • Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ)